Юй - родоначальник зарождения божественной значимости в Синдзи. Если бы она не слилась с Евой 01, то Синдзи так и остался бы простым мальчиком, имеющим отношение к событиям космической важности, только посредством родства с главнокомандующим и ведущим ученым. Но произошло то что произошло , и теперь действия Синдзи имеют решающее значение для всего человечества, и не только.
На основе биоматериала погибшей Юй был создан клон - Рей.
Таким образом, душа Юй поселилась в Еве-01, а плоть продолжила существование в виде Аянами.
План Гендо ,по единению с Юй и станавлению Богом, зависит от:
1. Лояльности Синдзи - т.к. тот синхронизируется с Евой-01, а значит выступает ключом для контроля над душой Юй.
2. Лояльности Рей - т.к. та контролирует плоть Юй.

Харухи - собственник божественных сил. Она зародила божественную значимость в Кёне, когда вверила ему свое сердце (скажем так. Едва ли она влюбилась в Джона Смита, тогда, на танабату, но определенно стала питать к нему особенные чувства). Начиная от этого момента, неприклонная Судзумия следовала не только собственным мотивам, но и прислушивалась к мнению Кёна (что стало критически важно в 6 эпизоде первой арки).
Таким образом, Харухи разделила возможность влиять на Божество на две личности:
1. Саму Харухи, непосредственного владельца.
2. Кёна - ключа к силе Судзумии.

В случае обоих произведений, мы имеем двух видных героев, желающего изменить мир, посредством разделенной божественной сущности.
Если в случае Евангелиона это Гендо (глава NERV, желающий стать Богом и вернуть жену, посредством плоти и ключу к душе Юй), то в мире Меланхолии, это Ицки Коидзуми (представитель (а скорее всего и глава) организации экстрасенсов, желающий сохранить мир, для этой цели добившийся расположения Божества и ключа к Божеству).

Цели Ицки имеют вселенский масштаб: он старается недопустить перезапись мира. Для этого он попадает в команду SOS, и становится прямым подчиненным Божества, а так же (успешно) старается направить действия Ключа-Кёна в сторону спасения мира.

И это не единственные схожие герои, в этих вселенных.

Так же у нас есть Каору и Юки - представители еще двух фракций (на этот раз SEELE и Интегрального Мыслетела).
Каждый из героев должен способствовать искусственной эволюции представителей своих организаций, и каждый из них, влюбляется в Ключ: Каору в Синдзи и Юки в Кёна.

P.S. У вас есть отличная возможность поучаствовать в доработке еще свежей теории.
P.P.S. К сожалению, история Микуру не была должным образом экранизированна. У Ицки есть первая арка, у Юки полнометражка, а анимированная "Меланхолия Микуру Асахины" пока лишь у меня в мечтах. Для целей текущего исследования есть смысл перечитать соответсвующий том ранобэ и убедиться что Микуру не связана с героями Евы