Навоз применялся в качестве естественного удобрения с глубокой древности. В России до революции навоз был основным сельскохозяйственным удобрением. Количество органических удобрений (в основном навоза), вывозимого на поля в СССР (1960-е годы), составляло примерно 500 млн т[2].

Хорошо перепревший и, таким образом, обеззараженный навоз используется как ценное удобрение на полях для восстановления плодородия почвы. Свежий навоз считался одним из лучших удобрений[4]. Свежий навоз, однако, может угнетать большинство культурных растений; кроме того, в нём сохраняются неповреждённые семена сорных растений, споры грибов и бактерий. Навоз хранят в специально отведённых местах (навозохранилищах), для этого его специально уплотняют для удаления воздушных прослоек. При уплотнении происходит удаление воздуха, снижение воздухопроницаемости и повышение теплопроводности навоза, что мешает развитию микрофлоры. Различают три основных метода хранения навоза: горячий, горячепрессованный (метод Кранца) и холодный метод. Горячий метод заключается в рыхлом хранении навоза в кучах, при этом в массу удобрения легко проникает воздух, что приводит к активному росту микрофлоры, разрушающей органические компоненты навоза. При хранении в открытых неуплотнённых кучах, навоз за полгода теряет до 60 % массы сухого органического вещества и до 50 % содержащегося в нём азота. Наиболее выгодным методом хранения навоза является холодный метод, когда навоз сразу после получения уплотняют до максимальной плотности и хранят в защищенных от почвенной и атмосферной влаги прохладных помещениях, как правило, на бетонной поверхности. Ранее широко использовавшийся метод Кранца заключается в уплотнении навоза сразу после его разогрева до 50—60 °C и направлен на ускорение разложения органических соединений навоза при минимизации потерь соединений азота. Метод Кранца позволял ускорить эффект использования навоза при некотором снижении его удельной эффективности, что было выгодно лишь до появления синтетических азотных удобрений[5].

Применение навоза в качестве удобрения позволяет не только внести в почву достаточное количество всех необходимых растениям макро- и микроэлементов, но и улучшает физико-механические свойства почвы. Также, навоз способствует активации почвенной микрофлоры и вносит в почву дополнительное количество углекислого газа. Навоз улучшает условия усвоения растениями большинства минеральных удобрений[4].

Навоз используют также и как удобрение для подкормки комнатных растений (обычно разбавляя его водой в пропорции 1 к 10). Для этих целей лучше всего подходит лосиный навоз по причине почти полного отсутствия у него запаха[6].

Птичий помёт
По химическому составу птичий помёт относится к числу лучших видов органических удобрений. Наиболее ценным считается куриный и голубиный помёт, менее ценным — утиный и гусиный. При частом внесении помёта в почве накапливается азот в нитратной форме, поэтому данное удобрение лучше заделывать осенью, равномерно распределяя по всей площади. Но наиболее эффективен птичий помёт при использовании в жидких подкормках. Для приготовления раствора ёмкости наполовину заполняют помётом, затем заливают водой, закрывают крышкой и настаивают 3—5 суток. Далее раствор вторично разбавляют водой (1:10).

Торф
В торфе содержится немного доступных для растений питательных элементов, но зато он увеличивает содержание гумуса и улучшает структуру почвы. Тёмный цвет торфа способствует поглощению тепла и быстрому прогреву почвы. По степени разложения различают несколько видов торфа. Верховой отличается слабой степенью разложения растительных остатков и высокой кислотностью. Низинный характеризуется высокой степенью разложения и меньшей кислотностью. Переходный торф занимает промежуточное положение между ними. Торф собирают в болотах, потом раскладывают для проветривания или закладывают в компостную кучу. Вносят торф в любое время года, даже зимой по снегу. Но нельзя забывать, что к нему необходимо добавлять известь. На огороде торф лучше всего добавлять в компосты, а также в почвенные смеси для выращивания рассады и защищённого грунта.

Сапропель
Многовековые донные отложения пресноводных водоёмов, которые сформировались из отмершей водной растительности, остатков живых организмов, планктона, также частиц почвенного перегноя, содержащие большое количество органических веществ, гумуса: лигниногумусовый комплекс, углеводы, битумы и другие в коллоидном состоянии. Ил накапливается на дне прудов, озёр, рек. В нём много перегноя, азота, калия и фосфора. После непродолжительного проветривания ил можно успешно использовать на песчаных почвах (3—9 кг на 1 м²).

Фекалии
Основная статья: Ночное золото
Фекалии — это нечистоты уборных. Они богаты минеральными веществами, которые легко усваиваются растениями. Однако фекалии, находящиеся в выгребных ямах, быстро разлагаются, из них быстро улетучивается азот. Для лучшего сохранения азота на дно выгребной ямы насыпают торф слоем 20—25 см. Затем фекалии еженедельно переслаивают небольшим количеством торфа. В результате не только сохраняется азот, но и исчезает зловонный запах. Перед применением в качестве удобрения фекалии компостируют, чтобы обеззаразить от глистов, яйца которых погибают при температуре 45…50 °С.

Опилки и древесная кора
Опилки — дешёвое органическое удобрение, которое может значительно повысить плодородие почвы, улучшить её воздухопроницаемость и влагоёмкость. Только вносить их следует не в свежем виде, а в перепревшем или в смеси с другими материалами. Для ускорения процесса разложения опилки складывают в кучу, смачивают водой, навозной жижей. Можно смешать их с опавшей листвой и растительными остатками. Полезно переслаивать опилки землёй. В течение лета кучу дважды перелопачивают, добавляя накопившиеся растительные остатки и нитрофоску.

Древесную кору (отходы деревообрабатывающей промышленности) перед использованием компостируют. Кору влажностью 75 % измельчают на кусочки длиной 10—40 см, складывают в кучу и вносят минеральные удобрения (кг на 100 кг): аммиачной селитры 0,9, мочевины 0,7, натриевой селитры 2, суперфосфата 0,2, сульфата аммония 1,5. Кучу периодически перемешивают и увлажняют. Через 6 мес компост готов к употреблению.

Сидераты
Это органическое удобрение представляет собой запаханную в почву высокостебельную растительную массу одно- или многолетних бобовых растений (ярового гороха, яровой вики, кормовых бобов, люпина, сераделлы), а также фацелии, гречихи, подсолнуха и других. По своему действию сидераты почти равноценны свежему навозу. Питательные элементы, содержащиеся в растительной массе сидератов, попадая в почву и постепенно разлагаясь, переходят в доступное состояние для последующих культур, а органическое сидеральное вещество способствует восстановлению почвенной структуры. Некоторые сидеральные культуры (люпин, гречиха, горчица) увеличивают растворимость и доступность для растений малоподвижных почвенных фосфатов, а люпин может использовать труднодоступные формы калия.

В зависимости от степени истощения почвы сидераты размещают на участке всё лето или как промежуточную культуру. Например, их высевают после уборки ранних овощей. Иногда высевают озимый горох или озимую вику, весной после цветения массу прикатывают или скашивают и запахивают, а участок выравнивают и проводят посев. На огороде сидераты высевают сплошными рядами (ширина рядов 60— 90 см, междурядий 15 см). Глубина заделки однолетних бобовых культур 5—6 см, многолетних — 3—4 см. Обязательно послепосевное прикатывание, особенно многолетних трав. Уход сидератам не требуется, но при поливе они растут лучше.

Компосты
Компосты готовят из различных органических материалов. Растительные остатки, не поражённые вредителями и болезнями, фекалии, птичий помёт, навоз и другие материалы складывают в рыхлую кучу (штабель) на ровной поверхности, переслаивая дерновой землёй или торфом. Основой кучи служит подстилка из листьев, опилок или торфа слоем 10—12 см. Периодически кучу увлажняют водой или раствором удобрений, через 40—50 сут компост перемешивают, а когда его температура достигнет 60 °C — уплотняют.

Летом компостную кучу защищают от солнца, на зиму укрывают землёй или опилками слоем 30—40 см. Через 8—11 мес компост можно использовать. Сорняки, давшие семена, компостируют отдельно, так как они сохраняют всхожесть около пяти лет.

Вермитехнология — мероприятия по культивированию компостных дождевых червей на разных субстратах в различных экологических условиях, производство и накопление их экскрементов и биомассы червей. Использование вермитехнологии на научной основе является серьёзной альтернативой существующим технологиям утилизации всех органических отходов: навоз животных, птичий помёт, отходы деревообрабатывающей, целлюлозно-бумажной, рыбной, мясной и пищевой промышленности, отходы овощных баз, магазинов, кафе и ресторанов, бытовые отходы, осадки сточных вод, осадки очистных сооружений и др.

Терра прета — компостирование органических отходов жизнедеятельности человека и животных методом силосования с использованием активированного древесного угля. Полученный силокомпост доводится до кондиции компостными дождевыми червями, либо поверхностно вносится в почву с последующим мульчированием.

Комплексные органические удобрения
Комплексные органические удобрения (КОУ) отвечают на запросы рынка, научного сообщества и общественности о возможно более широком применении экологически безвредных и полезных для здоровья человека веществ и технологий для производства высококачественных продуктов питания. Внимание в городах с высокими доходами населения к «полностью натуральным» продуктам и «экопозитивному» фермерству делает развитие рынка удобрений в направлении совмещения полностью безвредных и естественных для экосистемы материалов и веществ с целью достижения максимально возможной при таких входящих установках производительности экономически все более обоснованным.

Наиболее распространенные на рынке КОУ по составу можно классифицировать как органоминерально-бактериальные удобрения. Так, препарат «Арксойл» российского производства характеризуется производителем как «комплексное органоминеральное удобрение с ростостимулирующей активностью, биоантидотными и фунгицидными свойствами, содержащее инактивированные бактерии и продукты их метаболизма».

К методикам производства КОУ относят биоферментацию, биологическую культивацию микроорганизмов для получения препаратов из них самих и из продуктов их жизнедеятельности, и разнообразные способы переработки животных отходов и продуктов жизнедеятельности.