5 ноября 1872 года «Мария Целеста», под командованием Бриггса, вышла в плаванье. Корабль с грузом спирта-ректификата, принадлежавшего компании «Meissner Ackermann & Coin», вышел из Статен-Айленда, Нью-Йорк, в порт Генуя, Италия. На корабле, кроме капитана и команды в 7 человек, находилась жена капитана Сара Элизабет Кобб-Бриггс и их двухлетняя дочь София Матильда.

«Мария Целеста» была обнаружена спустя четыре недели, 4 декабря (по некоторым отчётам, 5 декабря, из-за отсутствия стандарта часовых поясов в XIX веке), бригом «Деи Грация» под командованием капитана Дэвида Рида Морхауза, лично знавшего Бенджамина Бриггса; за день до отплытия «Марии Целесты» капитаны и их жёны ужинали вместе. Корабль был покинут командой: ни одного человека, ни живого, ни мёртвого, на борту не было.

Между переборками и палубами обнаруженного корабля была морская вода, её уровень в трюме достигал 3,5 фута (1 метр). Крышки люков были сняты, причём створки носового люка были сорваны с петель и валялись на палубе. В остальном корабль казался неповреждённым. Окна кормовой надстройки, где находилась капитанская каюта, закрыты брезентом и заколочены досками. Секстант и хронометр не были найдены (что подразумевает эвакуацию команды), в часах кончился завод. Компас разрушен, предположительно при неудачной попытке спешно его снять. В каюте капитана остались нетронутыми шкатулка с драгоценностями и две пачки денег. По полу каюты были раскиданы игрушки, швейная машинка жены капитана стояла с неоконченным шитьём.

Расположение вещей свидетельствовало о том, что корабль не попадал в сильный шторм — в частности, на швейной машинке лежала маслёнка, которая при сильной качке обязательно бы свалилась. Об отсутствии шторма свидетельствовали и наблюдения других судов в районе в предполагаемое время катастрофы. Сырость в жилых помещениях корабля объяснялась только повсеместно открытыми люками, в том числе световым в каюте капитана, что было сделано явно не по погоде.

Матросы не забрали с собой свои трубки — они были сложены в надлежащем месте в кубрике.

В плавание «Мария Целеста» отправилась с одной спасательной шлюпкой, вторая из штатных шлюпок была сдана в ремонт. Шлюпка, скорее всего, была спущена на воду, а не сорвана стихией. При этом, судя по состоянию перил, шлюпка была спущена с борта, который при господствующих в это время года ветрах и курсе на Геную являлся бы наветренным.

Груз в 1701 баррель спирта оказался цел (однако после доставки его в Геную владелец сообщил об исчезновении 9 баррелей). Нетронутым оказался полугодовой продовольственный запас. Все бумаги, за исключением судового журнала, исчезли. Последняя запись в судовом журнале датирована 24 ноября, с координатами «Марии Целесты»: 36°57′ с. ш. 27°20′ з. д. Согласно надписи на грифельной доске в кают-компании, в 8 часов утра следующего дня бригантина находилась бы в 6 милях к юго-юго-западу от острова Санта-Мария (один из Азорских островов).