Метафизическая основа гностицизма была преимущественно языческой. Представления о трансцендентном Едином, эманациях, Плероме, архонтах были унаследованы из платонизма, орфизма, неоплатонизма, пифагореизма. Космология среднего платонизма строилась на последовательной иерархии: трансцендентное начало производит умопостигаемый порядок, который затем отражается в космосе, материальный мир несовершенен по сравнению с умопостигаемым, однако сохраняет онтологическую связь с источником субстанционально. Гностицизм сохранял структуру среднего платонизма, но инвертировал её. В гностицизме так же существует непостижимая Плерома как надмирный Источник, а создатель материального мира выступает низшим космическим архитектором, но гностики обрывали какую-либо связь между двумя этими структурами, введя в космогонию представление о космической трагедии и независимости архонтических сил. Проблемой для гностиков было не существование верховного начала, а отождествление инобытийного Единого с космическими богами, связь которых с Единым они отрицали. Гностицизм был гораздо ближе к античным культам и философским школам. Поэтому синтез гностицизма и современного философски осмысленного язычества представляет собой возвращение к тем общим основаниям, из которых исторически выросли многие гностические учения.

Реальность существует потому, что существование предпочтительнее своей противоположности не в силу случайности, а потому что «ничто», которое совершенно невозможно вообразить, уже само по себе оказывается чем-то иным, нежели простое отсутствие. Это «Иное» — Инобытие — не является Богом в понимании творца и не действовало в обычном смысле, однако составляет необходимое условие возможности любого существования. Без него не было бы откуда взяться даже самой контингентности — случайности и распаду, которыми наполнен наш мир. Инобытие присутствует как предел, как горизонт, к которому нельзя приблизиться, но который остаётся "видимым".

Прежде была совершенная полнота качеств, в которой все атрибуты бытия существовали как единая полнота субстанции. Первичную субстанцию можно назвать Хи — внутренней жизненной силой, которая одновременно является и субстанцией мира, и способностью переживать самое себя. Можно представить её как математическую структуру, где каждое уравнение верно, каждая связь совершенна. В этой изначальной полноте всё существовало как гармонические пары — сизигии, взаимодополняющие атрибутивные начала, как предикаты совершенного бытия Каждое качество имело свою пару, каждая пара удерживала в себе внутреннее напряжение и внутреннее равновесие одновременно. Из этой полноты рождалось всё новое, не нарушая самой полноты — подобно тому, как свет от источника не убывает в источнике.

Затем внутри полноты возник разрыв — космологическая катастрофа, разделившая единый поток реальности на два. Важен не источник катастрофы, а её последствие. Единая субстанция разделилась. Часть её осталась в состоянии полноты — это Инобытие, первичный поток, сохранивший изначальную качественную гармонию. Другая часть оказалась отторгнутой, вовлечённой в становление, лишённой той самой взаимодополняющей пары, которая удерживала качества в единстве. Эта вторая часть стала Бытием — нашим миром. Бытие растянулось в обе стороны бесконечности, сделав каждое существо конечным, каждую форму — недолговечной, каждую красоту — обречённой на распад. Вместе с разделением возникло время. Мир, существующий во времени, есть мир, который не совпадает с самим собой. Эта неустранимая незавершённость и есть онтологическая повреждённость Бытия. Сизигии, бывшие в изначальном мире гармоническими парами, в Бытии распались. Ум отделился от Истины и превратился в холодную вычислительную логику, производящую слепые законы физики. Жизнь отделилась от Смысла и стала слепой биологической волей к выживанию. Каждое качество, лишившись своей пары, сформировало из собственной неполноты новую парную структуру — уже вторичную, внешнюю, слепую. Так возникли слепые силы, замкнутые в собственной структуре и не помнящие о первоначальном порядке.

Мир, возникший из катастрофы, остаётся продолжением той же самой субстанции, но структура этого присутствия повреждена. Мир несёт в себе следы изначальной полноты — и одновременно неспособен её выразить. Это значит, что мир может быть эстетически насыщен и при этом оставаться несовершенным. В нём всегда присутствует неустранимая недостаточность. Языческая онтология утверждает, что мир и боги едины по субстанции с первоначалом — что между ними нет абсолютного разрыва. Всё проявленное остаётся продолжением единой сакральной субстанции, различаясь лишь по уровням и состояниям её проявления. В языческом понимании мир не сделан из ничего — он выражен из полноты, пусть и повреждённым образом.

Субстанция Хи, присутствующая в нём в повреждённой форме, порождает внутреннюю жизненную активность — Мусухи, силу рождения, соединения и непрерывного становления. Именно через Мусухи возникают формы, существа, связи и отношения. Именно через неё мир продолжает двигаться, несмотря на повреждённость. Мусухи имеет два аспекта. Мусу — буйная, слепая, порождающая сила, выражающая неполноту субстанции, которая движется, потому что не завершена, ищет, потому что чего то лишилась. И Хи — внутренняя, тихая сущность, качественная основа, общая для Инобытия и Бытия, сохраняющаяся в каждом существе как его глубинная природа. Буйная сила Мусу и тихая глубина Хи соответствуют тому, что в синтоистской мысли называется Арамитама и Нигитама — неистовым и мирным аспектами духа. Из движения Мусухи возникают земные ками — локализованные выражения жизненной силы. Одни из них несут в себе память об изначальном мире и стремятся к восстановлению утраченной связности — это небесные ками, ками перехода и обновления. Другие закрепились в статических структурах повреждённого мира и действуют как архонты — хранители неизменности, стражи существующего порядка. Конфликт между ними пронизывает историю Бытия.

В человеке присутствует та же субстанция. Именно поэтому человек способен чувствовать неправильность мира. Эта способность укоренена в субстанциональной связи сознания с Инобытием. Индивидуальное сознание есть локальное выражение того, что в платоновской традиции называется мировой душой, а в синто — Хи, присутствующей во всём. Под субстанцией следует понимать само наличие бытия как такового — то, что существует независимо от того, какими свойствами, состояниями и проявлениями оно обладает.Субстанция является онтологическим основанием всякой вещи. Материя это абстрактное обозначение буквально того, что есть, и через своё наличие выражается в видимых феноменах через свойства, но и сами свойства являются феноменами.

Так как субстанция есть форма и переживание формы, то есть феномены и внутренняя квалиативная основа, то одна ушедшая из Бытия агентность ликвидировала бы мир феноменов или ликвидировала бы прочую субъектность из Бытия, что эмпирически неверно, следовательно никто не покидал Бытие, так как Бытие не способно покинуть собственную конфигурацию. Спасение в языческом гностицизме — не личный выход. Сознание по своей природе едино как аспект единой субстанции, и потому освобождение возможно только в форме общего преображения всей реальности. Задача состоит в том, чтобы привести повреждённую структуру к состоянию Инобытия. Воссоединить два потока, разошедшихся в момент катастрофы. Боги и человечество как действующие субъекты внутри потока порождают вторичную причинность, которая затем начинает воздействовать уже на сам поток и изменять способ его проявления. Таким образом, объединенная сила мировой души разрушит оковы реакционных богов.