Тема для пользователей Microsoft Windows. Snap, flatpack, nix, squashfs, overlayfs, unionfs, aufs, атомарщина, это всё в загоне, тред для домохозяечек.

Давайте раз и навсегда определимся, какой формат развёртывания программного обеспечения наиболее выгоден для системы:

Как это вижу:
Софт из установщиков
1. Плюс: Регистрируется в системе, самостоятельно обновляется.
1.1. Минусы данного подхода: из-за частой эксплуатации установщиков в реестре остаются следы этих самых установщиков.
1.2. После удаления программного обеспечения не все программы умеют за собой полностью убирать свои файлы.

Портативный софт:
1. Минусы: Для процесса портабелизации некоторых программ необходимы дополнительные действия. Например, для qbittorrent необходимо создать папку profile, для mpv portable_config, для Firefox применить один из васянских патчей на портабелизацию (tete009, adonais), для браузера iridium прописать аргументы запуска --user-data-dir=IridiumUserData.
1.1 Так же в реестре остаются следы от взаимодействия с программами.
2. Плюсы: как правило, с удалением директории с содержимым программы, удаляются так же все настройки программы.
2.1. Программы легко переносимы, легко откатывать, восстанавливать в случае экспериментов.