Своими корнями история Военного университета радиоэлектроники уходит в 1957 год.

10 октября 1957 года в городе Череповце на базе пехотного училища, эвакуированного в годы войны из города Лепель, было сформировано Череповецкое военное училище связи. Этот день является официальной датой образования вуза. Училище получило статус среднего военно-учебного заведения со сроком обучения три года.

6 декабря 1959 г. Череповецкому военному училищу связи вручено Боевое знамя.

21 мая 1970 года Череповецкое военное училище связи было преобразовано в Череповецкое высшее военное командное училище связи. В училище был сформирован ряд новых кафедр, в учебные планы и программы введены дисциплины, определяющие подготовку курсантов на уровне инженера по эксплуатации радиосредств в течении четырёх лет.

5 марта 1974 года командное училище связи получает новый статус и становится высшим военным учебным заведением с пятилетним сроком обучения. Теперь оно именуется Череповецкое высшее военное инженерное училище радиоэлектроники. С этого года военное училище начинает подготовку офицеров с высшим специальным образованием. По новому штату в нем сформировано 17 кафедр. Курсантские подразделения сведены в два факультета – инженерный и командный.

В период реформ, начавшимся в стране и Вооруженных силах, после распада СССР, военное училище неоднократно меняло статус и подчинённость.
29 августа 1998 года училище стало Военным институтом, получив наименование Череповецкий военный инженерный институт радиоэлектроники.

11 ноября 2009 года в процессе реформирования системы военного образования институт вновь преобразован. Он получает статус филиала Военно-космической академии имени А.Ф. Можайского.

5 февраля 2014 года вузу возвращен статус самостоятельного учебного заведения и историческое наименование Череповецкое высшее военное инженерное училище радиоэлектроники.

За заслуги в обеспечении безопасности государства, укреплении его обороноспособности и подготовке квалифицированных военных кадров указом Президента Российской Федерации от 13 сентября 2017 г. № 124 Череповецкое высшее военное инженерное училище радиоэлектроники награждено орденом Жукова.

Орден вручал статс-секретарь – заместитель Министра обороны Российской Федерации Николай Панков.

8 мая 2020 года, приказом Министра обороны Российской Федерации 212 Военное училище получило наименование Военный университет радиоэлектроники.

В настоящий момент университет готовит специалистов по программам – среднего профессионального образования, высшего образования – специалитета, магистратуры, а также готовит кадры высшей квалификации по программам адъюнктуры.

Среди выпускников училища одному офицеру присвоено звание Героя Российской Федерации, более 500 человек награждены орденами СССР и Российской Федерации.