Я тут покопался, и теперь могу сказать, что кое-что знаю о формате PDF. Всё гораздо хуже, чем предполагалось изначально.

На Libgen три файла, годящихся в исходники упомянутого в прошлом треде. Один из них наиболее похож на оригинал, второй — «оптимизированная» версия первого (пересобран без особых изменений), третий сделан в 2021 году, когда в издательстве заменили векторную обложку (которая лежит в файле целиком, что легко увидеть, изменив размеры страницы) её картинкой (видимо, для маломощных устройств или не умеющих нормально растрировать приложений или сервисов).

В сломанном файле в массиве страниц вместо номера объекта второй страницы стоит null. Это нелогично и с точки зрения формата (интерпретировать ли null как элемент массива, или как пустое место? сколько всего тогда элементов в массиве, и каким страницам они соответствуют?), и технически (правильно было бы объект удалить отовсюду, а потерянный по ошибке так и остался бы потерянным, но с номером, — но в PDF, оказывается, есть 4-5 разных способов сослаться на то, что объект не существует, и нигде не сказано, следует ли их считать равнозначными). Откуда взялся null? В свойствах указана iText — библиотека для работы с PDF на Java… мда. В оригинале вторая страница не содержит ничего и добавлена для того, чтобы левые и правые страницы при просмотре стояли на месте. У неё вообще нет поля Contents (как и полагается, если страница пуста). Вероятно, программа из десяти строчек, которая вставляет ссылку на говносайт на каждую страницу, не обрабатывает отсутствие объекта Contents в дереве, а потом беззаботно передаёт null по обработчику, пока тот не оказывается сериализован в выходной PDF-файл.

Более того, одна из программ для визуализации формата PDF, RUPS, построена с использованием как раз iText. Так вот, она сыпет исключениями и на кривой файл, и на нормальный. В первом она отказывается интерпретировать этот самый null в дереве страниц, во втором не находит объект №5, где должны содержаться метаданные (видимо, удалённые на всякий случай какой-то утилитой перед загрузкой на Libgen) а потом жалуется на неправильную запись в таблице xref для объекта 4222, где указано смещение другого объекта (не знаю точно, как так случилось, на этот номер вроде бы нет ссылок нигде, если всё разжать и распаковать). Впрочем, если мы закроем мешающее диалоговое окно, мы увидим, что программа продолжает работать, хотя некоторые элементы интерфейса не заполнены, и продолжает выдавать в лог ошибки в процессе перемещения по фалу. Но это ведь как раз то, о чём так просил страждущий в прошлом треде: продолжать работать, даже если разбор фала выдал непонятно что, и показывать непонятно какое состояние данных. Именно такое игнорирование ошибок и привело к появлению кривого файла.

Известно, что PDF — домашний формат Adobe, к которому задним числом написали стандарт. Но он не только кодифицирует вещи потому, что так делал или делает Acrobat, он ещё и не полон и позволяет трактовать отступления разными способами. Вот у нас указано одно количество страниц, а в архиве меньше объектов. Что делать? Считать только указанные? Но тогда может поехать общая нумерация, которая задаётся отдельно. Считать пустыми не указанные страницы? А куда их добавлять, в начало или в конец? Стандарт не даёт ответа. Более того, в PDF/A, который вроде бы нацелен на однозначность и воспроизводимость, о таких деталях тоже ничего не сказано. О строгом лексическом описании для разбора можно и не заикаться. Почитайте вот, какую хрень они вместо этого два года чинили:
https://pdfa.org/resource/technical-note-tn0001-pdfa-1-and-namespaces/
Цирк, да и только. И это не специальная функциональность вроде генерации страниц по шаблонам через Javascript или онлайн-обмен записями с серверами, которую только Acrobat и поддерживает, это базовые структуры, нужные всем.

Неудивительно, что из попыток программ угадать, как интерпретировать альтернативные способы записи данных, чтобы открывать файлы, созданные другими программами, выходят уязвимости даже при работе с криптографическими подписями:
https://www.ndss-symposium.org/ndss-paper/shadow-attacks-hiding-and-replacing-content-in-signed-pdfs/