ИН - игрок "Наемник"
С - группировка "Сталкеры"
A/B - A - вертикаль (зелёным цветом на пике 2), B - горизонталь (красным цветом на пике 2)

Всё проверялось в Стасонке 6.03, где пикрил таблица. У ГГ группировка "Наемник"

1) ИН/С: -5000
С/ИН: -5000
Результат: вражда, в таблице, показывает, что враждебны к ГГ, за убийство плюсуют репутацию

2)ИН/С: 0
С/ИН: -5000
Результат: вражда, в таблице показывает, что нейтральны к ГГ, за убийство плюсуют репутацию

3)ИН/С: 5000
С/ИН: -5000
Результат: вражда, в таблице показывает, что дружественны к ГГ, за убийство плюсуют репутацию

4)ИН/С: -5000
С/ИН: 0
Результат: дружба (нейтралитет), в таблице показывает, что враждебны к ГГ, за убийство минусуют репутацию

5)ИН/С: -5000
С/ИН: 5000
Результат: дружба (нейтралитет), в таблице показывает, что враждебны к ГГ, за убийство минусуют репутацию

Далее проверка гипотезы, что числа отношения складываются, и сумма становится финальным показателем отношений. (Опровергнута.)

6)ИН/С: -2000
С/ИН: 5000
Результат: дружба (нейтралитет), в таблице показывает, что враждебны к ГГ, за убийство минусуют репутацию

7)ИН/С: 5000
С/ИН: -2000
Результат: вражда, в таблице показывает, что дружественны к ГГ, за убийство плюсуют репутацию

Выводы:

1) Вертикальная группировка является той, для которой мы выбираем поведение относительно горизонтальной. Например, клетка Чистое Небо/Долг (не забываем, что первое слово - это вертикаль) со значением -5000 будет означать, что Чистое Небо должно агрессироваться на Долг.
2) В этом же случае, если поставить в клетку Долг/Чистое Небо 5000 (т.е. прописать Долгу дружбу к Чистому Небо), то, в теории, ЧНовцы будут стрелять в Долг, а Долг в ЧНовцев - нет. Точно не знаю, потому что проверить отношения не только между ГГ и группировками, но и между самими группировками пока не было возможности. В будущем проверю, как найду две нейтральных группировки рядом (на Янове, например, Свобода и нейтралы).
3) Рассматривая отношения между ГГ и группировками, получается, что для корректной картины отношений, в клетку ГГ/Группировка надо писать тоже, что и Группировка/ГГ, потому что Группировка/ГГ - приоритетнее и отображает реальную картину отношений. Но в итоге я так и не понял, будут ли значения в таблице (ГГ/Группировка) лишь формальными и косметическими или, они на что-то влияют. Скорее всего первое, т.к. это штука сделанная для игрока, и существующая лишь из-за особенностей таблицы.
4) К сожалению, сделать игрока нейтральным ко всем, и не снимать при этом за убийство членов нейтральных группировок репутацию, нельзя, т.к. мы выяснили, что скорее всего отношения однобоки, а лишняя клетка ГГ/Группировка является особенностью таблицы, не играет важной роли, а то, что именно ее значения находятся в отношениях в ПДА - костыль и формальность.