ADMIXTOOLS — набор программ на основе расчёта f-статистик (сравнения аллельных частот), который показывает, как смешивались разные популяции, и позволяет оценить, из каких «источников» (Ref-популяций) сложилась целевая (Target) популяция. ADMIXTOOLS 2 – более новая и быстрая версия, реализованная на языке R.

qpAdm — утилита (модуль) внутри ADMIXTOOLS, которая находит, из каких Ref-популяций и в каких долях собрана Target-популяция, при этом в качестве «фона» используются outgroup-популяции для контроля.

right pops (outgroups) — «отдалённые» эталонные популяции, которые не участвовали в смешении Target и Ref-популяций. Они позволяют отделить древние генетические связи от более «современных» адмиксионных сигналов: благодаря outgroups - qpAdm видит, какой вклад в Target пришёл именно от смешения, а не от общей древней истории.

left pops — список популяций, участвующих в модели, состоящий из Target и Ref-популяций. Target — целевая популяция, чьё происхождение мы пытаемся описать. Ref-популяции (источники/sources) — популяции, чьи доли генетики суммарно дают состав Target.

p-value — число, показывающее, насколько хорошо модель объясняет данные: чем больше (обычно > 0.05), тем «доверительнее» модель; если p-value < 0.05, модель считается статистически непригодной.

FST дистанции — мера того, насколько две популяции отличаются по частотам аллелей. Если большинство аллелей встречаются примерно одинаково, FST близок к 0; если аллели сильно различаются (то есть популяции мало что разделяют), FST приближается к 1. Для расчёта используется утилита fst (или функция fst() в ADMIXTOOLS 2).

Для анализа в ADMIXTOOLS сначала устанавливают пакет (или ADMIXTOOLS 2) и его зависимости, затем скачивают и подготавливают геномные данные (файлы .geno/.snp/.ind или частоты аллелей) и эталонные базы популяций, формируют списки популяций (left pops: Target + Ref; right pops: outgroups), после чего запускают утилиты (например, fst для FST дистанций и qpAdm для моделирования адмиксии) и анализируют полученные доли смешения, p-value и ошибки.

ADMIXTOOLS - https://github.com/DReichLab/AdmixTools
ADMIXTOOLS 2 - https://github.com/uqrmaie1/admixtools
Геномные наборы "AADR": https://reich.hms.harvard.edu/allen-ancient-dna-resource-aadr-downloadable-genotypes-present-day-and-ancient-dna-data

В исходных версиях ADMIXTOOLS (C/C++): данные принимаются в формате EIGENSTRAT (.geno/.snp/.ind)
В ADMIXTOOLS 2 (R-пакет) можно напрямую работать с этими файлами или пересчитывать f-статистики из сырых генотипов (например, VCF)

>>805
у меня бойлер нагревает воду до кипятка, хотя она у меня и так идёт исправно
>>806
ТАм ANE гиперборейцы

>>807
ПОЛЕЗНЫЕ ССЫЛКИ:
https://www.genotek.ru/ - ДНК-тест для РФ (есть ещё "atlas", но генотек более популярен и понятен)
https://genopoisk.ru/ - терминальный субклад для гаплогрупп
https://vahaduo.github.io/ - калькулятор аутосомного происхождения Global25 (G25)
https://illustrativedna.com/ - коммерческий онлайн-сервис анализа ДНК-тестов. Ранее делал оригинальные координаты для G25, но больше их НЕ ДЕЛАЕТ и использует свой собственный PCA.
https://adnaxp.github.io/ - база данных древних и современных сэмплов с аутосомами, гаплогруппами, датировками, пигментацией
https://genomelink.io/ - анализирует фенотипические черты
https://www.gedmatch.com/ - аутосомные калькуляторы, поиск родственников
https://genoplot.com/ - аутосомные калькуляторы, симуляции G25, форум
https://phenotype.yseq.net/ - анализ пигментации
https://ytree.morleydna.com/ - анализирует SNP Y-DNA
https://cladefinder.yseq.net/ - анализирует SNP Y-DNA
https://allelocator.ovh/ - подборка калькуляторов
https://www.exploreyourdna.com/calculateurs.aspx - подборка калькуляторов
https://dna-tools.xyz/ - усреднение координат
https://admixtr.streamlit.app/ - усреднение координат с опцией указания процентов. Есть функция "subtract"
https://isogg.org/wiki/Y-DNA_tools - полезный сайт, много инфы

>>808
да

Как получить оригинальные координаты для G25: https://eurogenes.blogspot.com/2025/02/g25-available-again.html (платно).
Есть возможность получить бесплатные (симулированные) координаты, лучший способ через genoplot.com в формате Eurogenes K36, но так лучше не делать, они получаются не точными.
Но лучше воспользоваться академическим инструментом ADMIXTOOLS.