Да, опять эта тема. Для начала позвольте сказать, что я не считаю, что какой-либо популярный учебник японского предоставляет подробный разбор нюансов, сопутствующих данным частицам. Не стоит недооценивать сложность этой темы. Наиболее полезные ресурсы, из тех, что касаются данной темы, — The Structure of the Japanese Language и A Linguistic Introduction, которые, хоть и написаны профессиональными лингвистами, отводят ей 58 и 13 страниц соответственно (да, верно, именно столько), для объяснения различий и способов применения частиц は и が. Излишне много? Наверное. В этих книгах очень много технических примеров, которые едва ли будут часто встречаться. Но если вы такой же, как и я, то вскоре будете считать, что поняли различия, однако всё чаще станете сталкиваться с предложениями, где просто никак не получается понять, почему используется は вместо が, и наоборот. В этом посте я постараюсь обобщить всё, что знаю по теме, и надеюсь, что он вам поможет, пускай и есть вероятность, что что-нибудь и упущено.
—————
Понятие «определимости».
Одной из главных причин путаницы между は и が состоит в том, что предложения с ними рассматриваются в изоляции во время изучения грамматики. Для большинства тем особой проблемы в этом нет, однако в этом случае это не так.
Например, возьмём предложения 机の上に食べ物がある и 食べ物は机の上にある. Оба предложения грамматически верны, даже если изменена структура предложения. Однако, в зависимости от контекста, одно из предложений будет концептуально неверно, пусть грамматически и верно. Это очень важно. При каждом использовании Xは вы предполагаете, что тот, с кем ведётся разговор, знает, к чему относится X.
Скажем, вы пришли домой к своему другу, и он первым делом говорит: "Эй, бро, еда уже на столе!", однако вы и знать не знаете ни о какой еде, ведь никакого упоминания о ней ещё не было. И естественно вы не знаете, о чём это он, и спрашиваете в ответ: "Чё? Какая еда?".
Однако, предположим, что ваш друг говорит: "Эй, бро, если ты голоден, на столе стоит только что приготовленная еда!". Данное высказывание имеет смысл и и грамматически, и концептуально. Друг ввёл концепт приготовленной еды в сферу определимого, что я буду далее называть высказыванием. В дальнейшем можно ссылаться на еду без необходимости её определения, так как вы знаете, о какой еде идёт речь.
Теперь вы понимаете, почему при изучении いる и ある всегда требуется использование が перед этими глаголами, так как не будет смысла во внезапном "Ого, на столе сидит кошка.", или же по-японски うわ、机の上に猫はある без какого-либо контекста, потому что не ясно, о какой кошке идёт речь?
Так что для начала отметим, что は используется для маркировки определимого, а が для введения определимого в высказывание.
—————
Разберём подробнее.
Давайте пройдёмся по каждой ситуации по порядку.

1. Анафорические темы.
は используется для создания отсылки к тому, что было введено в сферу определимого при помощи が. Чтобы это проиллюстрировать, я использую цитату из классической японской сказки Момотаро:
昔々あるところにおじいさんとおばあさんが住んでいました。ある日おじいさんは山へ柴刈りに、おばあさんは川へ洗濯に行きました。
Давным-давно жили в домике над рекой старик со старухой. Старик ходил в лес за дровами, а старуха стирала на реке бельё.
В первом предложении нельзя использовать は, так как ни старик, ни старуха не были введены в высказывание. Но после их введения при помощи が, вы можете использовать は (как видно из второго предложения), так как вы, как читатель, теперь знаете, что старик и старуха из него те же самые, что и введённые в первом предложении.

2. Общие темы.
Темы, которые известны большинству людей, и не нуждаются во введении при помощи が, так как общие концепты, такие как мозг, собака, сыр и т.д., являются частями часто встречающися высказываний. Потому-то при разговоре на общие темы можно использовать は.
人間はすばらしい！(Люди прекрасны!).
Если человек, с которым вы ведёте беседу, не знает, кто такие люди, то не волнуйтесь, японская грамматика не делает исключений для таких людей :).

3. Общие суждения и конкретные суждения.
В целом, эта ситауция проясняет различие между похожими предложениями, различающимися только используемой частицей. В чём разница между 人は死ぬ и 人が死ぬ? Первое предложение являет собой общее суждение, а второе конкретное. В данном случае, конкретные суждения являются ответами на какой-либо вопрос, а общие суждения являются высказываниями о чём-либо как о концепте.
В первом предложении нам ясно, что использовать は возможно, ибо 人 это общая тема, и, соответственно, подходящим переводом для него будет нечто вроде "Все люди умирают.", что являет собой общее суждение по теме людей, так сказать.
Второе предложение посложнее. Будучи сказано в изоляции, оно не будет иметь смысла. Такое предложение говорится в ответ на что-либо. Скажем, в новостях сообщили, что произошла утечка на АЭС. В этом случае второе предложение более подходит как ответ, так как оно не является общим заявлением обо всех существующих людях, а есть заявление, предсказывающее, что случится с некими людьми именно на АЭС.
Два последних примера. Скажем, вас мучает головная боль. Вам нужно будет сказать 頭が痛い, а не 頭は痛い. Почему? Потому что общее суждение о болящих головах не имеет смысла (Головы болят???), если вы пытаетесь донести, что ваша голова болит из-за ощущаемой вами боли. Следовательно, нужно использовать が, так как сообщение о боли в вашей голове есть конкретное суждение, а не общее.
Как насчёт 空が青い и 空は青い? В чём тут разница? Что же, обычно небо синее, так что второе предложение является верным общим суждением. Первое же предложение это конкретное суждение в ответ на конкретную ситацию: "Небо синее! (так как я смотрю на него и вижу его таким)". Вы также теоретически можете сказать что-то вроде 空は赤い (Небо красное), и, хоть оно верно и грамматически и концептуально касательно использования は, фактически оно неверно. С другой стороны, 空が赤い абсолютно нормально, если прямо сейчас есть красивый закат, и на некоторое время небо становится красного цвета.

4. Спонтанные ситуации.
Менее сложная тема, но всё же важная, и о которой я даже не думал, пока не натолкнулся на неё. Я использую пример из Japanese A Linguistic Introduction, так как он просто идеален. Не думаю, что у кого-либо есть проблемы с использованием "Я собираюсь сделать X" и "Я сделаю X". Например, если друг, сидящий рядом с вами, внезапно роняет ручку, вы же не скажете "Я собираюсь поднять её", так как у слова собираться есть нюанс предварительного планирования. Вы просто скажете "Я её подниму", потому что это спонтанная ситуация, в которой вы сделали спонтанное решение.
В японском тоже есть подобное различие. Каким будет правильный ответ на しまった、宿題をしなかったんだ (Чёрт возьми, домашку не сделал)? Им будет что-то вроде 心配するな、私がしてやるから (Не волнуйся, я сделаю её за тебя)。Вы используете が, потому что оно указывает на только что принятое вами решение.
Однако, если вопрос такой: 皆、今日の講義に行く？(Народ, все пойдут на сегодняшнюю лекцию?), вы используете は и скажете 私は行きません, так как вы это уже решили заранее. По-русски вы не скажете "Я не иду", а скажете "Я не пойду", хотя я ебал переводить всякую херню с реддита.

5. Противопоставляющая は.
Эту ситуацию легче всего понять. Каждый раз при противопоставлении двух вещей или концептов в предложении вы маркируете и то, и то は. まことさんはきましたが、あきらさんはきませんでした。(Макото-сан-то пришёл, а вот Акира-сан нет). 雑誌って？買いはしますが、よみはしません。(Журналы-то? Купить-то купил, но не читал). Вот и всё.
Стоит ещё отметить, что наличие противопоставляющей は позволяет предложениям вроде 手紙はきました существовать независимо, хоть и кажется, что подобное противоречит всем остальным правилам. По правде говоря, это предложение в таком виде двусмысленно. Если вы знаете, о каком письме идёт речь (сфера определимого), то предложение очень просто: "Письмо пришло".
Однако, если вы не знаете ни о каком письме (т.е. вы не ожидаете его от кого-либо, а это просто случайное письмо), тогда здесь は подразумевает некий факт в противопоставление высказыванию "Пришло письмо", просто о нём не упомянули. Им может быть что угодно. "Пришло письмо (но посылка нет)."; "Пришло письмо (но больше ничего)". Вот такой здесь выражается нюанс. Есть ещё хорошие примеры, касающиеся еды, глубже его проясняющие. Если вы говорите что-то вроде 今日は食べ物美味しいですね, то подразумевается, что сегодняшняя еда вкусная, но вот в другие одни она была хуже.

6. Определительная が.
Эта тема касается が в её «исчерпывающем» значении. Возьмём диалог だれがこれをつくったんですか。--> 私が作りました。(Кто это приготовил? Я приготовил). Использование здесь は некорректно, так как вы указываете на то, что именно вы это приготовили, а не кто-то другой.
Посмотрим на другую ситуацию. Есть три человека: А, Б и В. Они только что встретились и ничего о друг друге не знают.
А: 誰が寿司が好きですか。(Кому нравятся суши?)
Б: 私は好きです。(Мне нравятся.)
В: 私はあまり好きじゃないです。(Мне не очень нравятся.)
А: そうか。じゃ、Б_が_寿司が好きですね。(Ясно. Значит, Б (и только Б) нравятся суши, ага.)
Б нравятся суши. В не нравятся суши. В этом случае только Б нравятся суши, и, следовательно, вы используете が. В The Structure of the Japanese Language используется название «исчерпывающая が». Вы не можете использовать は в последнем предложении, потому что так будет подразумеваться, что А не знает, нравятся ли кому-нибудь ещё суши кроме Б (в данном случае только В). Вот почему когда отвечает Б, он использует は, так как ему неизвестно, нравятся ли В суши или нет. Но вот А знает, кому нравятся суши, следовательно, он использует が.
—————
Заключение.
В общем, спасибо за прочтение, надеюсь, было полезно узнать что-то новое. Я добавлю/исправлю пост позднее, если понадобится. Если что-либо неверно, прошу, поправьте меня. Я также рекомендую прочесть упомянутые в начале книги, так как там глубоко исследуются фундаментальные концепты японской грамматики. Они очень хардкорны, но какое же изучение иностранных языков без огромного количества боли?